Az allergiás reakció eltér a szervezetben egyéb idegen anyag (pl. kórokozók) bejutásakor létrejött immunreakcióktól. Allergénnek nevezzük azt az idegen anyagot, amely kiváltja az allergiás reakciót. Az allergén az arra érzékeny személyben egy speciális gyulladásos folyamatot indít el, így állandósul az adott allergénnel szembeni érzékenység, és ez az állapot az allergia. Az allergiás gyulladásban egész más sejtek vesznek részt, más kémiai anyagok jelennek meg a gyulladás területén, mint egy fertőzés során.

Allergia esetén a beteg szervezete olyan anyagokat is termel, melyek egészséges emberben általában csak igen csekély mértékben találhatók. Ilyen például az immunglobulin E ellenanyag. De nagyobb mennyiségben vannak jelen az ún. hízósejtek is. Az allergiás beteg szervezetébe jutott allergén a hízósejtekhez kötődik az Immunglobulin E segítségével. Ennek hatására a hízósejtekből kiszabadulnak olyan anyagok, amelyek az allergiás tünetekért felelősek. Ilyen lehet a hörgőizomgörcs (asztmás roham), a csalánkiütés, orrnyálkahártya megduzzadása vagy a nem fertőző kötőhártya-gyulladás.

Allergia gyanúja esetén a kivizsgálás során az alapos kikérdezést követően allergéneket tartalmazó bőrtesztek, specifikus IgE ellenanyagok vérből történő kimutatása van segítségünkre. Az elmúlt években váltak elérhetővé az ún. komponens alapú allergia vizsgálatok, melyek sokféle allergénnel szembeni érzékenység esetén segíthetnek a pontosabb diagnózis felállításában.

A bonyolult allergiás gyulladásos reakciók miatt előfordulhat, hogy nem elegendő egyetlen gyógyszer ahhoz, hogy a beteg meggyógyuljon vagy tünetmentessé, váljon. Előfordulhat, hogy hetek, esetleg hónapok telnek el, míg az allergológus tünetmentessé tudja tenni a beteget. Tüneti és immunterápiás gyógyszerek is szerepelnek a terápiás fegyvertárban.